**IGV（Integrative Genomics Viewer）**：

• 功能：用於可視化基因組數據，如比對結果、變異、基因表達等。
• 安裝：從IGV官方網站下載可執行文件。
• 使用：運行IGV並導入所需的數據文件，然後可以進行互動性的基因組數據可視化。

IGV強大的功用

• 瀏覽基因組數據：IGV 允許使用者載入和瀏覽基因組序列數據，包括參考基因組、變異資訊、基因註釋等。 使用者可以輕鬆導航到感興趣的基因組區域。

• 視覺化瀏覽：IGV 提供高度可自訂的視覺化選項，包括多種顏色方案、圖形註釋和比例尺，以幫助使用者更好地理解數據。

• 比對資料檢視：IGV 可用於檢視定序資料的比對結果，如 BAM 檔案。 這對於分析 DNA 定序、RNA 定序以及 ChIP-seq 等數據非常有用。

• 基因註釋和功能分析：IGV 可以顯示基因結構、外顯子、內含子、UTR 區域等信息，並允許使用者查看和分析基因的表達模式和功能。

• 變異和突變分析：IGV 支持顯示單核苷酸多態性 (SNP)、插入/缺失突變、結構變異等變異訊息，幫助研究人員研究基因組的變異和突變。

• 表現分析：IGV 可視覺化 RNA-seq 數據，顯示基因的表現水平，幫助使用者辨識表現差異、剪接變異等。

• 互作網絡分析：IGV 支援視覺化生物學資料的互作網絡，幫助使用者理解蛋白質互作、基因調控等複雜關係。

• 定量資料分析：IGV 可以與一些分析工具集成，允許使用者進行定量資料分析，如定序資料的差異表達分析。

國網使用IGV

主要方便不用載檔按下來看IGV
但這個一次只能開一個terminal~~

先下載thinlinc，然後安裝，使用國網帳號登入thinlinc

cd /opt/ohpc/Taiwania3/pkg/biology/IGV/IGV_v2.10.3/

sh igv.sh 

開啟~~

選擇想開啟的檔案，igv可以開bam, cram...... 等等檔案，但記得都要有index唷！
index怎麼來？
可以利用這個工具samtools(自己網路下載安裝)

samtools index yourfile.bam

我找到了正確的reference genome，以及載入想要看的檔案

hover 過去就能出現更詳細的資訊

Reference

這裡有更詳細的操作~
保母級IGV 基因組瀏覽器使用指南（圖文詳解）